生息洞窟の減少や消滅などによる生息環境の悪化によって、個体数が激減している。

北海道、本州、四国、九州のほかいくつかの島部。

◎近似種との区別　京丹波町質志鍾乳洞と京都市右京区京北下中町新大谷マンガン廃鉱の他、新たに福知山市の２つの隧道で生息が確認された。

丹波町質志鍾乳洞と京都市右京区下中新大谷マンガン廃鉱から生息が知られている。前者では古く（1973年）は夏にも2頭のみ確認されたことがあるが、最近は冬期のみの生息であるようであり、200頭前後の冬眠が確認される。一方、後者では数十頭が冬期に知られている。いずれにしても、通常は数百の群れをつくり、繁殖をするが、京都府ではそのような繁殖の群れの発見はない。新たに見つかった福知山の2つの隧道からも各々20頭、40頭の小さな群れの発見であり、繁殖は確認されていない。しかし、今後さらに調査が進めば、繁殖も確認できると思われる。さらに丹後地域の海岸にある海蝕洞にも生息の可能性があり、今後の調査が待たれる。

昼間の隠れ家である、鍾乳洞や鉱山廃鉱などの洞窟類の環境を変えないこと。コウモリが利用する洞窟に人が入らない、洞内でたき火を絶対にしないようにする、懸下するコウモリに灯りを照らさない、及び触らないようにする。そのために、コウモリが利用する洞窟に、人が入れないような、しかしコウモリが通れるような扉を設ける。観光鍾乳洞の場合は、コウモリの一年を通した移動や個体数変動を調べて、観光客のための灯りを確保する場所を決定する、及びコウモリの移動や懸下が妨げられないようにする。