生息洞窟の減少や消滅などによる生息環境の悪化によって、個体数が激減している。

北海道、本州、四国、九州のほかいくつかの島部。

◎府内の分布区域　これまでに知られていた当時の瑞穂町や京北町以外にも、新たに舞鶴市、福知山市、船井郡京丹波町、京都市、相楽郡和束町から生息が知られ、京丹波町では幼獣も観察された。

京丹波町質志鍾乳洞や京都市右京区京北下中町新大谷マンガン廃鉱で発見例があったが、いずれも1～5頭である。どちらもそこには常駐せず、時々数頭のみ見かけるという状況であり、もちろん繁殖をしていない。一方、南丹市美山町京都大学芦生研究林では林内を飛翔しているのが1回のみ発見されたので、林内にあるというマンガン廃鉱を昼間の隠れ家にしている可能性が高いが、未確認である。本種は通常は数百の群れをつくるが、京都府ではそのような群は発見されていなかった。しかし、2003年以降、新たに舞鶴市の3つの戦跡、福知山市の2つの隧道など、京丹波町の導水路、京都市右京区の隧道と放棄人工洞、和束町の廃坑から生息が確認された。しかも京丹波町では、50頭もの幼獣が見つかり、繁殖していることが明らかになった。これら新たに発見された洞窟での生息確認数は1～100頭であり、ほとんどが30頭を越える群れであった。すなわち、もっと調査が進めば、100頭を越えるような大きな群れは少ないかも知れないが、京都府全域から生息が確認される可能性もあり得る。

昼間の隠れ家である鍾乳洞や鉱山廃鉱などの洞窟類の環境を変えない。コウモリが利用する洞窟に人が入らない、洞内でたき火を絶対にしないようにする、懸下するコウモリに灯りを照らさない、及び触らないようにする。そのために、コウモリが利用する洞窟に、人が入れないような、しかしコウモリが通れるような扉を設ける。観光鍾乳洞の場合は、コウモリの一年を通した移動や個体数変動を調べて、観光客のための灯りを確保する場所を決定する、及びコウモリの移動や懸下が妨げられないようにする。