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平成29年4月1日から厚生労働省が健康牛のBSE検査を廃止したことを受け、京都府においても同日から健康牛のBSE検査を廃止しました。なお、府内2カ所の食肉センター（亀岡市、福知山市）に搬入される牛について、生体検査において行動異常又は神経症状を呈するものについては引き続きBSE検査を実施し、全て陰性であることを確認しています。
| 年度 | 検査実施数 | 検査結果 |
| 令和5年度 | 1 | 全て陰性 |
| 令和4年度 | 2 | 全て陰性 |
| 令和3年度 | 2 | 全て陰性 |
| 令和2年度 | 2 | 全て陰性 |
| 平成31年度 | 0 | - |
| 平成30年度 | 2 | 全て陰性 |
| 平成29年度 | 13 | 全て陰性 |
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