全国的に生息地の破壊が進み、京都府でも産地が少ないため。

北海道、本州（青森県から鳥取県までの日本海沿岸、太平洋沿岸は青森県、岩手県、茨城県）に分布。

◎府内の分布区域　府内では京丹後市の久美浜町（箱石浜）、網野町（琴引浜）、丹後町（宇川河口）に分布。

本種の基本的な生息地は海浜植物帯であり、海浜植物が存在しない砂浜には、イソコモリグモは生息しないか、生息してもその密度はきわめて低い。コンビナート、住宅、海水浴場、道路、防潮堤などの建設によって、本種の生息環境は全国的規模で非常に悪化している。石川県では、1950年から1998年までに生息地が81%減少したという。

海浜植物が存在する自然度の高い砂浜の開発をさせないこと、ならびに、生息地へのバイクや自動車の進入を許さないことが必要。