ヤマトツノゴケモドキは西南日本に広く分布し、稲刈りの終わった水田の土上や水田の畦などに比較的普通に見られる。京都市左京区岩倉産のものをタイプ標本にしてヤマトツノゴケモドキが新種として記載された（Hasegawa 1979）。タイプ標本は岩倉の水田の畦で採集されたものであるが、採集された当時の水田は現在は荒れ地になっており、そこにはもう本種は生育していない。水田を生育地とする種は、近年の圃場整備や農業方法の変化のため、減少傾向にあることが報じられている。ヤマトツノゴケモドキの場合は著しく減少したというところまではいっていないようであるが、かつての生育地の環境の変化が本種の生育状況にどのような影響をもたらすかについて注目する必要があると考える。