ヒノキは、乾燥土壌にも耐えて、尾根筋、土壌の薄い岩盤地、急斜面などに生育することができる。降水量に帯する要求はスギほど多くなく、年降水量1,000㎜以上の地域に分布している。気候的には暖温帯から亜高山帯の下部まで分布する。ヒノキの材は緻密で耐久性が高く、強靱で、最も評価が高いため、古代から神社仏閣などの建築材として利用されてきた。そのため、本来、自然植生の中でのヒノキの占める割合は高かったが、現在では、大径木は一部にしか残っていない。大台ヶ原周辺にはヒノキの大径木からなる群落が残っている。乾燥土壌にも耐えるため、尾根筋などで、ツガやヒメコマツなどと混生し、針葉樹林を形成する。

上記のヒメコマツとの混生林では、京都府自然環境保全地域に指定され管理が行われている。しかし、広く分布する単木的なヒノキの保全は周辺植生の保全とともに管理する必要がある。