もともと平地ではトラマルハナバチやコマルハナバチに比べて個体数は多くない種であるが、1980年頃までは京都府市内でも深泥池や東山近辺ではまずまず普通種であったが、最近、京都府市の市街地はもちろん貴船や芦生でさえほとんど姿を見ないくらいに減っており、ほぼ全域で絶滅が危ぶまれる。

本州、四国。九州。やや山地性のマルハナバチ。

原因は不明だが、クロマルハナバチの個体数は激減している。コマルハナバチはまだ比較的よく観察される。場所にもよるが、コマルハナバチは5～6月に集中的に活動するので、それなりの個体数を維持しているようである。自然植生の大きな変化が、なんらかの形で影響している可能性も高い。1960年代の初めに、宮本セツ氏は農薬の乱用や自然植生の単純化の進行にともない、特にクロマルハナバチが減少しつつあると先見の明をもって警告している。残念にして近年、事態は破局的に展開している。